I Jämtlands län har länsstyrelsen utsett ett 50-tal olika vattenmiljöer. Alla dessa bedömer man har höga värden både sett till kultur, fisk, fiske och natur. Vissa av dessa anses vara särskilt värdefulla även nationellt sett. Dessa består av sammanhängande och orörda vattensystem. Till viss del kan de också bestå av sjöar och enskilda vattendrag. Många av dessa vattenmiljöer ingår i det nätverk som kallas för Natura 2000 och många av dem har avsatts som naturreservat.

Vattenmiljön måste uppfylla något eller några av de naturvärdeskriterier som finns för att anses som värdefull. Några av dessa kriterier består av representativitet, naturlighet, artrikedom och mångformighet. I många av vattenmiljöerna finns egenskaper som har en stor betydelse både för rödlistade arter som flodkräftor och flodpärlmussla, samt också för artrika fiskebestånd av olika slag.

Det finns också små vatten i skog- samt jordbrukslandskap som är fiskfria. Även dessa kan ha mycket höga naturvärden. Många av dessa kan tillhöra de allra individ- och artrikaste vattenmiljöer som existerar. I många av dessa vatten finns salamandrar och flera andra groddjur. Det kan också finnas snäckor, växter eller flera olika insekter. I några av de småvatten som finns i Jämtland kan man också finna också den större vattensalamandern. Dessa lever en stor del av livet på land och det är därför viktigt att man också ser till att bevara de landmiljöer som finns nära småvattnen.

Man kan ofta finna en extra rik mångfald i biologin precis i övergångszonen som ligger mellan land och vatten. I denna kantzon finns flera funktioner och dessa har en avgörande betydelse för att vattenmiljöernas produktion och ekologi ska fungera. Ofta tillför denna strandnära vegetation både barr, grenar, löv, hela träd, smådjur och insekter till vattnet. Detta ger extra föda till olika vattenlevande organismer. En kantzon av denna typ skuggar också samtidigt som zonen ger skydd mot olika starka temperaturväxlingar. Zonen kan också fungera som erosionsskydd samtidigt som den skyddar från att näringsämnen och kemikalier direkt kan tillföras till ytvattnet.